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オミクス博士のブログ

薬学の博士課程のブログ

プロテオミクスに有用な細胞内局在データベースMetazSecKBの紹介

 タンパク質の機能を知るためにそのタンパク質が細胞のどこにあるのかいうのは重要な情報です。

 
現在、インターネットで無料で公開されていて情報が随時更新されている細胞内局在データベースには、MetazSecKBLOCATEがあります。

MetazSecKBはヒトを含む121種の動物に対応しており、LOCATEはヒトとマウスに対応しています。

MetazSecKBでは、UniProtKB/Swiss-Protから得た実験に基づく根拠と7つのin silico細胞内局在予測ソフトから得た結果をまとめてタンパク質の細胞内局在を決めています(下図)。



網羅的プロテオミクスを行うと数百から数千種類のタンパク質が同定されますが、1つ1つのタンパク質の細胞内局在を手動で確かめるのは大変です。MetazSecKBとLOCATEどちらのデータベースもデータベース内の全てのデータを無料でダウンロードできるので、ダウンロードしたデータを用いることで網羅的プロテオミクスで同定されたタンパク質と細胞内局在データベースの情報を自動で結び付けるプログラムを作成できます。

プログラムを作成するのにMetazSecKBのデータのまとめ方の方が扱いやすかったので、僕はMetazSecKBのデータを用いてExcel Macroでプログラムを作成しました。